Контрольно-счетная палата как структурное подразделение Брянской областной Думы была создана 27 мая 1996 года в соответствии с Законом Брянской области № 22-З «О Контрольно-счетной палате» для реализации функций финансового контроля за расходованием бюджетных средств Брянской области и внебюджетных фондов, образованных органами государственной власти Брянской области.

Первым председателем Контрольно-счетной палаты стал заместитель председателя Брянской областной Думы Евгений Павлович Чирков. Численность сотрудников на момент создания Контрольно-счетной палаты составила 18 человек.

12 апреля 2006 года в соответствии с Законом Брянской области № 25-З «О Контрольно-счетной палате Брянской области» была создана Контрольно-счетная палата Брянской области, ставшая правопреемником Контрольно-счетной палаты Брянской областной Думы. С этого момента Контрольно-счетная палата Брянской области обрела организационную и функциональную самостоятельность, стала юридическим лицом, с правом законодательной инициативы в Брянской областной Думе по вопросам своего ведения.

Вместе с расширением полномочий Контрольно-счетной палаты Брянской области изменилась ее структура, статус должностей и штатная численность, в частности, появились: заместитель председателя, 3 аудиторских направления и отдел финансового, материального и административного обеспечения. Численный состав Контрольно-счетной Брянской области палаты увеличился до 28 человек.

В январе 2007 года Контрольно-счетную палату Брянской области возглавил Владимир Александрович Шинкарев.

Для обеспечения координации деятельности Контрольно-счетной палаты в соответствии с Законом «О Контрольно-счетной палате Брянской области» был образован коллегиальный орган - Коллегия Контрольно-счетной палаты Брянской области. В её состав вошли председатель Контрольно-счетной палаты Брянской области, его заместитель, аудиторы Контрольно-счетной палаты и 4 депутата Брянской областной Думы.

В целях укрепления взаимодействия Контрольно-счетной палаты Брянской области и муниципальных контрольно-счетных органов Брянской области, направленного на повышение эффективности государственного и муниципального контроля, 17 июля 2008 года была образована Ассоциация контрольно-счетных органов Брянской области. В её состав вошли 32 участника: контрольно-счетные палаты муниципальных образований с образованием юридического лица, контрольно-счетные органы городских и районных Советов народных депутатов, Контрольно-счетная палата Брянской области.

В феврале 2011 года Государственной Думой Федерального Собрания Российской Федерации был принят основополагающий Федеральный закон № 6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований», установивший общие принципы организации, деятельности и основные полномочия контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации и контрольно-счетных органов муниципальных образований.

Изменения бюджетного законодательства Российской Федерации в 2011-2013 годах привели к значительному расширению перечня задач и полномочий контрольно-счетных органов. В связи с этим численный состав Контрольно-счетной палаты Брянской области к концу 2013 года увеличился до 31 человека.

Для повышения эффективности контрольной и экспертно-аналитической деятельности в мае 2014 года в Контрольно-счетной палате была проведена реорганизация, в результате которой были созданы отдел финансового, материального и административного обеспечения и информационно-правовой отдел, а также сформированы 4 аудиторских направления:

1. Аудиторское направление по экспертно-аналитической и контрольной деятельности за расходами областного бюджета на топливно-энергетический комплекс, транспорт, дорожное хозяйство (дорожные фонды), жилищно-коммунальное хозяйство, бюджетные инвестиции, комплексного анализа социально-экономического развития Брянской области.

2. Аудиторское направление по экспертно-аналитической и контрольной деятельности за расходами областного бюджета на государственное управление, формированием и исполнением доходов областного бюджета, управлением государственной собственностью и межбюджетными отношениями.

3. Аудиторское направление по экспертно-аналитической и контрольной деятельности за расходами областного бюджета в социальной сфере и средствами территориального фонда обязательного медицинского страхования Брянской области.

4. Аудиторское направление по экспертно-аналитической и контрольной деятельности за расходами областного бюджета на охрану окружающей среды, сельское хозяйство, водное и лесное хозяйство, комплексного анализа эффективности функционирования региональной контрактной системы.

В целях укрепления независимости, эффективности и объективности деятельности муниципальных контрольно-счетных органов Контрольно-счетной палатой Брянской области велась большая работа по линии Ассоциации контрольно-счетных органов Брянской области: проводились различные обучающие семинары, направлялись типовые методические материалы, осуществлялись совместные и параллельные контрольные и экспертно-аналитические мероприятия. К 2015 году все 33 муниципальных контрольно-счетных органа (6 городских и 27 районных) были наделены правами юридического лица и обрели организационную и функциональную самостоятельность.

В апреле 2015 года решением IX Конференции Ассоциации контрольно-счетных органов Брянской области Ассоциация контрольно-счетных органов Брянской области была преобразована в Совет контрольно-счетных органов Брянской области, внесены соответствующие изменения в нормативно-правовую базу и состав руководящих органов.

Для повышения качества взаимодействия с органами государственной власти и правоохранительными органами Контрольно-счетной палатой Брянской области были заключены соглашения о сотрудничестве: с прокуратурой Брянской области, УМВД  России по Брянской области, УФСБ по Брянской области, СУ СК России по  Брянской области, УФНС России по Брянской области, УФАС России по Брянской области, УФК по Брянской области и другими органами и учреждениями.

В настоящее время Контрольно-счетная палата Брянской области – динамично развивающийся орган внешнего государственного финансового контроля, оказывающий значительное влияние на формирование бюджетной политики и соблюдение бюджетного законодательства, в основе деятельности которого лежат принципы законности, объективности, эффективности, независимости и гласности.

Представители Контрольно-счетной палаты Брянской области принимают активное участие в заседаниях Брянской областной Думы, её комитетов, в совещаниях в Правительстве Брянской области, в работе антикоррупционной комиссии Брянской области, в различных семинарах и научно-методических мероприятиях, посвященных рассмотрению вопросов в сфере бюджетного процесса и внешнего финансового контроля.

Деятельность Контрольно-счетной палаты освещается на официальном сайте Контрольно-счетной палаты Брянской области и в средствах массовой информации.